Finanzierung
Der Betrieb der SOB ist nicht selbsttragend. Er wird vom Bund, von den Kantonen und von den Gemeinden finanziell unterstützt. Zur Umsetzung des diskriminierungsfreien Netzzugangs schreibt das Eisenbahngesetz die organisatorische und finanzielle Trennung der Bereiche Verkehr und Infrastruktur vor, was bei der Südostbahn durch die Aufteilung in Geschäftsbereiche gegeben ist.
Die Südostbahn ist in der Deutsch- und Südschweiz im regionalen Personen- und im Fernverkehr tätig. Dazu gehören die verschiedenen S-Bahn-Linien in der Ost- und der Zentralschweiz sowie der Voralpen-Express. Hinzu kommen die beiden Fernverkehrslinien Treno Gottardo und Aare Linth, die die SOB in Kooperation mit der SBB betreiben.
Regionaler Personenverkehr
Im regionalen Personenverkehr bestellen Kantone und Bund die gewünschten Verkehrsangebote für die nächsten zwei Fahrplanjahre nach ihren Bedürfnissen. Anhand des gewünschten Angebots offerieren die SOB und andere Transportunternehmen ihre Leistungen, wobei die geschätzten ungedeckten Betriebskosten angegeben werden müssen. Entspricht die Offerte den Vorstellungen von Kantonen und Bund, schliessen sie mit dem Transportunternehmen eine Abgeltungsvereinbarung ab.
Fernverkehr
Die Fernverkehrslinien basieren auf einem Kooperationsvertrag zwischen der SOB und der SBB. Die Südostbahn ist für die Bahnproduktion (etwa Koordination von Rollmaterial, Kundenbegleitern oder Lokpersonal usw.) und die Vermarktung der Linien zuständig, die SBB behält die Konzession sowie das Einnahmerisiko.
Leistungsvereinbarung mit dem Bund
Im Jahr 2014 hat das Schweizer Stimmvolk der FABI-Vorlage zugestimmt. Dadurch wurden die Bundes- und Kantonsbeiträge und der Fonds FinöV zusammen mit weiteren Finanzierungsquellen in einen neuen Bahninfrastruktur-Fonds (BIF) überführt. Die Kosten für Substanzerhalt, Betrieb und Ausbau sollen damit finanziert werden. Anhand der Finanzplanung des Bunds für die Eisenbahninfrastruktur erstellt die SOB eine Investitionsplanung. Für jedes Infrastrukturprojekt wird dabei der Zeitpunkt der Ausführung terminiert. Mit dieser Grundlage schliesst der Bund mit der SOB eine Leistungsvereinbarung über vier Jahre ab.
Ausbau barrierefreier Zugänge
Der Bund und die Kantone können Infrastrukturprojekte, deren Zweck über die Erneuerung und Erweiterung des Netzes hinausgeht, mit Sonderfinanzierungen unterstützen. Beispielsweise für die Erhöhung der Sicherheit an Bahnübergängen oder die Umsetzung des Behindertengleichstellungsgesetzes (BehiG). Seit Jahren setzt die Südostbahn die Anforderung des barrierefreien Zugangs mit einer Reihe von Massnahmen um. Dazu zählen unter anderem die Erhöhung der Perronanlagen für einen ebenerdigen Einstieg in die Züge, der Bau von Rampen oder das Anbringen von taktilen Sicherheitslinien auf Bahnhöfen.
